Jean Charon disait que le monde n’est pas inerte et que l’Univers est entièrement vivant. "Je crois que l'Univers est sacré, mais je sens que l’objectif de cet Univers est de se faire connaître d’abord". Sa priorité était d'expliquer comment est faite la Matière, qu'il appelait " la psychomatière ", considérant qu'elle est à la fois matière et esprit. Pour cela, il a proposé un modèle représentant à la fois la partie Matière et la partie Esprit, l'éon, un élément matériel qui serait porteur de l’Esprit et de la conscience. Il pensait aussi que la vision mécaniste du Monde était en train de changer. On a d'abord pensé le monde créé par Dieu. Ensuite, on a pensé que le monde fait par Dieu était un monde de Matière. On arrive aujourd'hui à l'étape d'un monde fait de Matière et aussi d’Esprit, et l'on découvre que cet Univers est entièrement vivant. "À mon avis,disait-il, c’est la grande découverte de notre époque. On est au sein d’un Univers immense, et c’est un Univers vivant et raisonnable.".

Dans la pensée de Jean Charon, nous sommes faits d’une partie réelle, entropique, qui se défait à la mort, et d’une autre partie, qui est l’esprit, imaginaire au sens mathématique du terme, qu’il qualifie de néguentropique et qui ne peut pas régresser. Mais il ne faut pas diviser les choses. On est les deux à la fois, matière et esprit, comme tout l'univers. C’est inséparable, et c'est cela l’unité. La mort demeurera un mystère tant qu'on ne saura pas ce qu’est exactement la vie ni comment les particules vivantes se forment jusqu'à constituer un être organisé. À la mort du vivant, il subsiste quelque chose qui rayonne à l’échelle du cosmos entier. Dans ses livres, Jean Charon explique comment il a développé ce modèle, fait à la fois de réel et d’imaginaire, pour faire comprendre que les choses sont à la fois ce qu’elles sont et qu’elles sont aussi leur contraire. Nous vivons dans un Univers contemporain. Le passé reste le passé, le futur reste le futur, mais au présent nous sommes une partie de cet Univers qui a le même âge que nous. Cette position rompt évidemment avec la conception ultra matérialiste du Big Bang et pose l'hypothèse d'un univers en perpétuelle création.

La relativité complexe de Jean Charon, constituerait un prolongement de la relativité générale d'Einstein. Nous voyons qu'elle conduit à un "nouveau modèle" concernant la nature des particules formant toute la matière. Chaque particule, appelée "éon", (électrons et quarks), posséderait à la fois, un "dehors" porteur de ses caractéristiques physiques, et un "dedans" contenant ses propriétés spirituelles et situé dans un autre espace-temps, un espace miroir. Ce micro-univers, rempli de lumière nouménale à néguentropie croissante, présenterait des propriétés psychiques, disposerait d'une liberté de comportement, et mémoriserait de façon cumulative toutes les expériences vécues depuis son origine. Notre mémoire acquise et notre mémoire innée seraient de la sorte accumulées dans les multiples éons constituant notre corps. Notre Soi serait associé au psychisme de ces particules dont certaines, venant d'autres parties de l'univers, existeraient depuis le début du Monde. Toute l'humanité vivrait ainsi en nous.

Chaque éon pourrait être considéré comme un 'hologramme, un reflet, de l'univers entier. C'est en ces éons que notre esprit serait contenu. Les particules étant éternelles, notre esprit existerait depuis le début de l'univers et, après la mort, continuerait à participer à son devenir. Au fur et à mesure de l'évolution de l'univers, avec l'accumulation de l'expérience existentielle et vécue, l'expansion de la mémoire "éonique" construirait une complexité croissante des structures et du psychisme. Les éons conscients piloteraient les transformations physiques, chimiques, organiques et mentales nécessaires, tant à l'intérieur des corps vivants que dans tout l'univers. Tous les éons, les êtres et les choses seraient un jour reliés et en harmonie avec la totalité de l'univers.